Агроэкологический мониторинг является важной составляющей общей системы мониторинга и представляет собой общегосударственную систему наблюдений и контроля над состоянием и уровнем загрязнения агроэкосистем и сопредельных с ним сред в процессе интенсивной сельскохозяйственной деятельности.

В ФГБУ «ГЦАС «Мордовский» заложено 8 реперных участков в 7 районах Республики Мордовия по проведению агроэкологического мониторинга. В текущем году с 8 реперных участков при сплошном обследовании было отобрано 8 образцов  почвы  на глубину пахотного горизонта, 3 пробы растительной продукции (основной и побочной),  8 образцов атмосферных осадков: снега и пробы дождевой воды, отбирались пробы грунтовой воды с ближайших источников воды, прилегающих к участкам. Также на каждом участке проводится замер гамма - фона. Мощность экспозиционной дозы гамма-излучения на участках составляет от 11 до 13 мкр/час, что не превышает уровень естественных природных значений. 

Ежегодно при сплошном обследовании в объединенных почвенных образцах определяется содержание гумуса, кислотности, обменные свойства почвы, содержание валовых и подвижных форм макро - и микроэлементов, тяжелых металлов, серы, железа, мышьяка, ртути, остаточных количеств пестицидов, радионуклидов. На реперных участках не наблюдается превышение ПДК тяжелых металлов. Содержание мышьяка и ртути находится в пределах допустимых значений.